Urodził się 30 grudnia 1888 roku w Krakowie. Ojciec przyszłego działacza politycznego, Jan, był inżynierem kolejowym, matka, Wincenta z Moszczeńskich, pochodziła ze znanej krakowskiej rodziny mieszczańskiej.
Dzieciństwo spędził w Czernichowicach pod Zbarażem. Edukację szkolną rozpoczął w 1903 roku w Gimnazjum oo. Jezuitów w Bąkowicach pod Chyrowem. Po ukończeniu gimnazjum studiował w latach 1907 - 1910 chemię na Politechnice Lwowskiej, którą w latach 1910 – 1912 pogłębiał na Uniwersytecie Ludwiga Maximilliana w Monachium. Tam też otrzymał tytuł inżyniera chemika. W czasie studiów uniwersyteckich oraz podczas praktyki w pracowni prof. Gustawa Schultza specjalizował się w metodach otrzymywania barwników syntetycznych, a następnie w 1913 roku w czasie praktyki w laboratorium gazowni w Łodzi interesował się technologią chemii węgla i surowców pokrewnych, którym to zagadnieniom pozostawał wierny na zawsze. Jako student należał do niepodległościowych organizacji "Zet" i "Zarzewie".
Po ukończeniu studiów ożenił się we Lwowie z Leokadią Glazer, z którą miał troje dzieci.
W czasie pierwszej wojny światowej służył w Legionach i walczył w konspiracyjnej Polskiej Organizacji Wojskowej. W okresie wojny polsko - bolszewickiej pracował w Głównym Urzędzie Zaopatrzenia Armii przy Ministerstwie Spraw Wojskowych jako kierownik wydziału Sekcji VI Chemicznej. Odwiedził wówczas wiele fabryk chemicznych m.in. w Toruniu, Chełmie, Chełmży, Grudziądzu, Tczewie i Bydgoszczy celem zintensyfikowania ich świadczeń na rzecz armii. Nie wiązał z nią jednak swej przyszłości i w 1921 roku wystąpił z wojska w stopniu porucznika. Po opuszczeniu czynnej służby wojskowej Kwiatkowski stał się jednym z pionierów odbudowy i rozbudowy przemysłu chemicznego w Polsce. W 1921 roku został wykładowcą na Wydziale Chemicznym Politechniki Warszawskiej, a w dwa lata później objął dyrekcję techniczną Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie.
8 VI 1926 roku, na wniosek Prezydenta Rzeczpospolitej Ignacego Mościckiego, został ministrem przemysłu i handlu w rządzie Kazimierza Bartla i pełnił ten urząd do 1930 roku.
W tym czasie mocno zaangażował się w budowę portu i miasta Gdyni, zapoczątkował rozwój towarzystw żeglugowych oraz sprawował pieczę nad budową Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Mościcach pod Tarnowem. Eugeniusz Kwiatkowski zainicjował utworzenie Zjednoczonych Fabryk Państwowych Związków Azotowych, w skład których weszły fabryki: mościcka, chorzowska i Spółka Akcyjna "Azot" w Borach koło Jaworzna. Jako naczelny dyrektor Zjednoczenia przygotował m.in. nową technologię produkcji sody i salmiaku, którą uruchomiono w 1936 r.
W latach 1928-30 był posłem na sejm z listy Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem.
W październiku 1935 roku został wicepremierem i ministrem skarbu i pełnił te funkcje w gabinetach Mariana Zyndrama - Kościałowskiego (1935 - 1936) i Felicjana Sławoja - Składkowskiego (1936 - 1939), kierując całą gospodarką Rzeczypospolitej Polskiej.
Okres w ostatnim gabinecie II Rzeczpospolitej, od maja 1936 do września 1939, miał największe znaczenie w jego pracy.
W 1937 r. został honorowym członkiem Polskiego Towarzystwa Chemicznego i prezesem Kuratorium (Rady Naukowej) Chemicznego Instytutu Badawczego w Warszawie. Kierował polską gospodarką, skutecznie, wprowadzając politykę nowoczesnego interwencjonizmu państwowego. Opracował i wdrożył w życie śmiałe wieloletnie plany inwestycyjne.
Był głównym architektem koncepcji Centralnego Okręgu Przemysłowego. Po osiągnięciu równowagi budżetowej, wprowadzeniu ograniczeń dewizowych oraz wprowadzeniu transferu pożyczek zagranicznych, Kwiatkowski 10 czerwca 1936 roku opracował pierwszy wariant rozbudowy COP – u jako czteroletniego planu inwestycji. Jego budowę rozpoczęto w roku następnym na terenie tzw. „trójkąta bezpieczeństwa”, położonego w widłach Wisły i Sanu. Obszar ten wybrano ze względów strategicznych (dobre położenie w centrum Polski), demograficznych (największe przeludnienie i bezrobocie) i ze względu na łatwy dostęp do źródeł energii (gaz ziemny, rzeki górskie). W ramach COP powstały m.in. elektrownie (w Rożnowie, Porąbce, Stalowej Woli), zakłady zbrojeniowe (w Skarżysku Kamiennej, Starachowicach, Stalowej Woli, Radomiu, Kraśniku, Sanoku, Dębicy), lotnicze (w Mielcu, Rzeszowie), chemiczne (w Dębicy, Niedomicach)i wiele innych. Była to jedna z najważniejszych inwestycji przemysłowych dwudziestolecia międzywojennego.
We wrześniu 1939 roku Eugeniusz Kwiatkowski opuścił Polskę i czas II wojny spędził internowany w Rumunii. W 1945 roku powrócił do kraju, by objąć funkcję Delegata Rządu do Spraw Odbudowy Wybrzeża. Wierzył, że nawet w najgorszych warunkach nie wolno odrzucać szansy zdobycia czegoś dla Polski. Przystąpił do dzieła odbudowy z tym samym entuzjazmem i rozmachem, z jakim budował Gdynię.
Pracował w Gdańsku, Elblągu, Szczecinie, był również przewodniczącym Komisji Planu Rozbudowy Trójmiasta. Po rozwiązaniu w styczniu 1948 roku Delegatury do Spraw Wybrzeża stopniowo był odsuwany od działalności państwowej, bowiem szybko się okazało, że jego plany gospodarcze nie zgadzają się z linią polityczną nowego rządu. W styczniu 1949 roku opuścił ukochane wybrzeże. Otrzymał zakaz stałego przebywania na wybrzeżu w Warszawie oraz w Poznaniu. Przeniósł się wówczas do Krakowa i poświęcił pracy naukowej. Wykładał historię gospodarczą świata w Wyższej Szkole Handlu Morskiego w Gdyni i w Uniwersytecie Jagiellońskim. Był przedmiotem stałej inwigilacji bezpieki, poddawano go różnym szykanom, np. do 1952 roku odmawiano mu prawa do emerytury. Pozbawiony środków do życia, ratował się pisaniem podręczników chemii. Dorabiał recenzjami i ekspertyzami.
Był członkiem licznych towarzystw naukowych, współpracował z czasopismami fachowymi. Współpracował z czasopismami technicznymi i „Tygodnikiem Powszechnym”.
W 1972 roku został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski z Gwiazdą oraz otrzymał Złotą odznakę »Zasłużony Pracownik Morza«.
W 1973 roku jeszcze raz sięgnięto do jego olbrzymiej wiedzy dotyczącej gospodarki morskiej, poproszono go o konsultację planu budowy Portu Północnego.
9 lipca 1974 r. Senat Uniwersytetu Gdańskiego, "w uznaniu nieprzemijających zasług dla rozwoju polskiej gospodarki morskiej, floty handlowej oraz portu i miasta Gdyni, budowniczemu Centralnego Okręgu Przemysłowego, wybitnemu przedstawicielowi polskiej myśli gospodarczej" nadał Eugeniuszowi Kwiatkowskiemu tytuł doktora honoris causa nauk ekonomicznych. Stan zdrowia nie pozwolił mu, by promocja mogła się odbyć podczas inauguracji roku akademickiego.
Zmarł w wieku 86 lat 22 sierpnia 1974 r. w Krakowie, pochowany został na Cmentarzu Rakowickim.
13 czerwca 1997 roku Eugeniusz Kwiatkowski został pośmiertnie odznaczony Orderem Orła Białego.
Najważniejsze prace Eugeniusza Kwiatkowskiego:
1. Dysproporcje. Rzecz o Polsce przeszłej i obecnej
2. Dzieje chemii i przemysłu chemicznego
3. Nasz program gospodarczy w sprawie azotowej
4. Nowoczesna chemia przemysłowa
5. Nowoczesna chemia przemysłowa: podstawy i kierunki rozwoju
6. Polska i jej morze
7. Postęp gospodarczy
8. Przemysł chemiczny: jego znaczenie i początki organizacji w Polsce
9. Zarys dziejów gospodarczych świata
10. Zarys dziejów gospodarczych świata. Cz. 1
11. Zarys technologii chemicznej węgla kamiennego
12. Zarys technologii chemicznej węgla kamiennego Polski
http://www.stalowka.net/encyklopedia.php?dx=101.
